Открыт по представлению Московского митр. свт. Филарета (Дроздова) 16 мая 1866 г. в Москве, на части территории (муж. двор) Преображенского богаделенного дома (см. ст. Преображенское кладбище), являвшегося центром федосеевцев. В Записке об учреждении Н. е. м. от 30 июля 1865 г. отмечено, что первоначально предполагалось устройство единоверческого (см. Единоверие) мон-ря на Рогожском кладбище, принадлежавшем старообрядцам Белокриницкой иерархии, но затем власти пришли к мнению, что это удобнее сделать на Преображенском кладбище (ЦГА Москвы. ОХД до 1917 г. Ф. 1181. Оп. 1. Д. 4. Л. 1).
В 1847 г. Преображенское кладбище (устроенное в 1771 И. А. Ковылиным как центр федосеевского согласия) перешло в ведение московского Попечительного совета заведений общественного призрения, в 1853 г.- в ведение совета имп. Человеколюбивого об-ва. В авг. 1853 г. был арестован главный настоятель богаделенного дома и духовный отец С. Козьмин, из его кельи изъяли старинные иконы, книги и казну богаделенного дома, позднее имущество было частично возвращено. С 1850 г. шло разорение келий в мужском и женском отд-ниях, проводилась опись имущества. В 1854 г. 2 моленные мужского двора - соборная Успенская (между 1780 и 1784, архит. Ф. К. Соколов) и надвратная Крестовоздвиженская (1805-1808, архитектор тот же) - были отняты у федосеевцев. Вместе с моленными к единоверцам перешли древние иконы, утварь и книги. У федосеевцев конфисковали всю территорию муж. двора, насельники к-рого были размещены на женском дворе. Старообрядцев принуждали к переходу в единоверие. Наиболее влиятельные прихожане Преображенского кладбища - Гучковы, Носовы, Гусаровы, Бавыкины, Осиповы и др.- приняли единоверие. Попечитель Преображенского кладбища фабрикант Ф. А. Гучков за отказ перейти в единоверие был сослан в Петрозаводск, куда уехал 27 янв. 1854 г., переписав имущество на перешедших в единоверие сыновей.
С сер. марта 1854 г. в соборной Успенской моленной с сев. стороны шло строительство придела во имя свт. Николы. 3 апр. 1854 г. митр. Филарет (Дроздов) по старопечатным книгам освятил придел. Алтарь Успенской ц. был освящен митрополитом 2 июня 1857 г.; на престол был положен антиминс, освященный при патриархе Филарете. Митрополит служил «в древнем омофоре, панагии первого патриарха Московского Иова, в наперсном кресте Всероссийского митрополита Макария и в древней митре, с посохом Московского святителя Алексия» (Никольский единоверческий муж. монастырь в Москве. С. 10). Переустройство Успенско-Никольского храма было совершено на средства И. Ф. Гучкова, в приделе свт. Николы поместили иконы из бывш. домашней моленной семьи Гучковых. Теплая 5-главая Крестовоздвиженская ц. над Св. вратами размещалась в каменном 2-этажном здании. После устройства алтаря 19 дек. 1854 г. митр. Филарет освятил церковь древним чином. В нижнем этаже Крестовоздвиженской ц. в 1855 г. открылось начальное народное училище для мальчиков. 16 сент. 1856 г. эти единоверческие храмы посетили великие князья и цесаревич Николай Александрович. Староста церкви А. Е. Сорокин преподнес наследнику древнюю икону с Неделей всех святых из Преображенского дворца царя Алексея Михайловича, сохраненную в старообрядческой среде.
В Записке об учреждении Н. е. м. от 30 июля 1865 г. говорилось о необходимости создать на Преображенском кладбище единоверческий монастырь, потому что «единоверцы и раскольники ходят в одни ворота, раскольники ходят мимо церквей без всякого уважения, иногда проявляя поругания и насмешки» (Там же). Др. предпосылкой учреждения Н. е. м. стало присоединение к правосл. Церкви 23 июня 1865 г. в единоверческом Свято-Троицком храме в Москве Дмитровским еп. Леонидом (Краснопевковым) ряда крупных деятелей Белокриницкой иерархии: Браиловского еп. Онуфрия (Парусова), Коломенского еп. Пафнутия (Овчинникова), иером. Иоасафа, секретаря-письмоводителя Белокриницкой митрополии архидиак. Филарета (Захаровича) и иеродиак. Мелхиседека. Сразу после совершения миропомазания новоприсоединенные единоверцы были пострижены в монашество. 21 июля 1865 г. к правосл. Церкви на правах единоверия присоединились бывший неокружнический Тульский еп. Сергий и протодиак. Кирилл Загадаев, в 1867 г.- Тульчинский еп. Иустин и иеродиак. Феодосий.
25 февр. 1868 г. еп. Леонид совершил чин присоединения к правосл. Церкви Павла Прусского. Последний поселился в Н. е. м., 15 дек. 1868 г. был рукоположен во иерея и поставлен настоятелем мон-ря, через некоторое время возведен в сан игумена, в 1880 г.- в сан архимандрита. Павел Прусский стоял во главе Н. е. м. с 11 июня 1868 по 27 апр. 1895 г. Филарет (Захарович) исполнял должность казначея Н. е. м., заменял настоятеля во время его частых миссионерских поездок. В кон. 1869 г. монастырь по приглашению Павла Прусского посетили узники Евфимиева суздальского в честь Преображения Господня монастыря старообрядческие епископы Геннадий (Беляев) и Конон (Смирнов (Дураков)).
Преемником архим. Павла на посту настоятеля Н. е. м. стал игум. Иероним (Юдин; 1895-1896), к-рый ранее почти 19 лет возглавлял Гуслицкий в честь Преображения Господня монастырь. В 1896-1908 гг. во главе Н. е. м. стоял игум. Сергий, бывш. казначей обители. Мина (Шустов) ок. 20 лет жил в обители послушником, являлся учеником и сотрудником архим. Павла Прусского в миссионерской деятельности, некоторое время заведовал братским книжным складом и исполнял обязанности библиотекаря Хлудовской б-ки. В 1901-1907 гг. Мина был настоятелем Гуслицкого Спасо-Преображенского монастыря, с 1908 г. до своей кончины 17 апр. 1911 г. возглавлял Н. е. м. в сане архимандрита. С 21 окт. 1911 по 30 окт. 1923 г. настоятелем Н. е. м. являлся Никанор (Кудрявцев), ранее исполнявший обязанности казначея и заведующего Хлудовской б-кой. В 1921 г. он был хиротонисан во епископа Богородского, викария Московской епархии для единоверцев. 5 авг. 1922 г. по собственному прошению уволен на покой с сохранением должности настоятеля Н. е. м.
Келья настоятеля находилась в каменном флигеле с сев. стороны Успенского храма (до открытия мон-ря здесь жил смотритель, ранее размещалась контора Преображенской обители). Братские кельи располагались на вост. стороне Успенского храма, в 2-этажном каменном корпусе, где прежде жили призреваемые богаделенного дома. Мон-рь был окружен стеной и имел 3 башни. Помимо положенного содержания и пожертвований Н. е. м. получал долю прибыли от деятельности единоверческой типографии, находившейся в ведении единоверческой Свято-Троицкой ц. в Москве, владел небольшими участками земли в Московской губ., доходным домом, построенным в 1906-1907 гг. на 2-м участке Тверской части Москвы. В 1876-1879 гг. на средства благотворителей, гл. обр. А. И. Хлудова (см. в ст. Хлудовы) и И. В. Носова, в Н. е. м. была построена отдельно стоящая колокольня (архит. Ф. Ф. Горностаев).
В 1883 г. в 2-этажном здании, примыкающем к Крестовоздвиженской ц., открылась уникальная публичная б-ка древней книжности и трудов по истории раскола Русской Церкви, завещанная Н. е. м. Хлудовым,- «Библиотека церковной печати Хлудовых при Никольском единоверческом монастыре». Редчайшие рукописи и старопечатные книги из Хлудовского собрания по просьбам исследователей на время передавались в др. б-ки. Вблизи Хлудовской б-ки в теплое время года проходили дискуссии представителей разных конфессий. Спорящие собирались также у ворот наружного двора Преображенского кладбища, но консистория предписывала проводить беседы в помещениях Н. е. м. (ЦГА Москвы. ОХД до 1917 г. 1181. Оп. 1. Д. 1. Л. 67-68 об.). Территория вокруг б-ки бережно сохранялась, о чем свидетельствует распоряжение благочинного единоверческих церквей Иоанна Звездинского от 24 авг. 1896 г. о сносе сарая, построенного вблизи б-ки игум. Иеронимом, и о составлении плана местности, окружающей б-ку (Там же. Л. 37-37 об.). Отношения со старообрядцами, несмотря на собеседования и совместное использование Хлудовской б-ки, не всегда были спокойными. 17 апр. 1913 г. совет федосеевской общины известил настоятеля Н. е. м. о том, что не все монастырские послушники ведут себя благочестиво на Преображенском кладбище, и просил «послушников и молодых людей в партикулярном платье, живущих в мон-ре, не допускать на кладбище, кроме погребений ваших прихожан и богослужений на могилах ваших одноверцев» (Там же. Д. 66. Л. 1-1 об.).
Н. е. м. стал центром миссионерской деятельности. В нем прошли 1-й (с 29 июня по 13 июля 1887) и 2-й (с 29 июня по 13 июля 1891) всероссийские съезды миссионеров. В мон-ре располагался склад изданий миссионерского Петра митрополита братства, отсюда книги распространялись по всей России. Настоятель Н. е. м. по должности являлся действительным членом братства. В обители находилась чтимая древняя икона св. Иоанна Предтечи, которую носили во время московских крестных ходов вместе с др. святынями. Крестные ходы вокруг мон-ря совершались 9 мая и 15 авг. В Н. е. м. в 1907 г. жили игумен, 22 монаха, 41 послушник.
В нач. 1922 г. Бауманский райсовет ходатайствовал о том, чтобы все помещения Преображенского богаделенного дома и Н. е. м. были отданы для размещения беженцев, начались проверки и осмотры зданий с целью их передачи разным организациям. В кон. 1923 г. Н. е. м. был закрыт, беспоповцы постарались вернуть себе все здания Преображенского кладбища. В праздник Рождества Христова 1923 г. старообрядцам объявили, что 4 их храма подлежат закрытию и ликвидации. Успенско-Никольскую ц. передали обновленцам (см. ст. Обновленчество), но единоверческая община сохранилась в главной, Успенской, части храма. Храм был разделен на 2 части: главная часть с Успенским престолом была отделена стеной от обновленческой - трапезной части, в которой устроили новый, правый, Успенский придел. К 1930 г. единоверческая община практически перестала существовать. В связи с ликвидацией общины поморцев в Токмаковом пер. власти передали последним Успенскую часть храма. Хлудовская б-ка к 1939 г. была полностью передана ГИМ. Сейчас в музее насчитываются 524 рукописи и 717 старопечатных книг из бывш. Хлудовского собрания. Часть монастырского архива находится в ОПИ ГИМ. Неск. икон из Н. е. м. хранятся в ГТГ.
В 30-х гг. XX в. стены и башни Н. е. м. были разобраны, юго-восточную часть его территории заняло расширившееся кладбище. Монастырские постройки оказались во владении различных учреждений. В 1977-1980 гг. под рук. И. К. Русакомского были отреставрированы колокольня и частично монастырские стены. Сохранившийся ансамбль Н. е. м. включает Успенский (Никольский) соборный храм, братский корпус (бывш. больничную палату в восточной части монастыря, 1798-1801), надвратный корпус (1801-1806) с Крестовоздвиженским храмом, 2 одноэтажных служебных здания - с северо-запада и с юго-запада от келейного корпуса, колокольню, фрагмент зап. стены (к северу от Крестовоздвиженской ц.).